من الخدمات التي تقدمها إدارة التمويل والتأمين الصحي خدمة التعامل مع الشكاوى، والتي تقوم من خلالها باستلام ومعالجة الشكاوى المقدمة من قبل العملاء، والمتعلقة بمجال التأمين الصحي، وبحثها والتعامل معها بما في صالح الجمهور، وتوجه هذه الخدمة إلى كل من مقدمي خدمات الرعاية الصحية، ومقدمي خدمات التأمين الصحي، وإداريي الطرف الثالث والوسطاء والمستفيدين من المواطنين والوافدين والزوار.